冯从吾结缘洛学,具有家学源渊。据《冯氏族谱》记载,其父名友,字益卿,别号兑泉。少时家贫但勤于攻读,精通儒门典籍,熟读二程著作,尤其崇尚理学,学宗阳明,颇有造诣。冯友不但自己崇尚理学,并且启发冯从吾心向理学,亲书王阳明诗句作为冯从吾的座右铭,令他坚定心志,为学、为人都以王阳明为榜样。不幸的是,冯从吾童年时代就失去了双亲,后师从许孚远,与王秦关等究良知之学,识力之卓荦,大为敬庵器重。万历十六年(1588),冯从吾三十二岁举于乡。次年进士及第,被选为翰林院庶吉士,应馆课,与焦漪园、涂镜源、徐匡岳诸公立会讲学。
冯从吾之所以倾心于河洛之学,除了家学源渊之外,还得力于河洛大儒孟云浦的点化和影响。理学自北宋由洛阳程、邵奠基发端,其后南渐,至朱熹集其大成,明中叶由王阳明发展为心学。嗣后,洛学归根,光大于新安孟云浦。(洛阳师院教授杨作龙语)。孟云浦,榜名化鲤,字叔龙,号云浦,新安人。万历庚辰进士,官至吏部文选司郎中。云浦先生是王学北传的代表人物,他自明穆宗隆庆三年始,先后三次在京师联会讲学,从学者甚众,在京城影响很大,被学者称之为“后孟子”。冯从吾入京会试那年,云浦先生正在新安老家为母亲守孝,在新安创川上书院,办豫西讲会,讲良知之学,从学者云集。县治狭小,除亲友塾馆及寺庙等寓不能容,至远出郊外三五里道观居之,昕夕讲习不辍。间出游山水,三三两两,散聚林薄间。月夕日晡,歌声清远,响振溪谷,有春风沂水之趣。冯从吾来往京师,路过新安,见此情景,深为感动,慨叹新安有古人之风。因之,对云浦先生十分仰慕,几希一见。这年冬天,云浦先生服阕,从新安回到京城。他由考功司主事升稽勋员外郎,不久,又升考功司郎中。而冯从吾初在礼部任职,不久即任佥都御史。也就在这一时期,两位大师在京城会面。冯从吾在《祭云浦孟先生文》中回忆二人初次见面的情景时说:“先生秀钟伊洛,神降岳嵩。力承正学,大启群蒙。往岁辛卯,幸挹高风,切劘砥砺,受益实鸿。越岁壬辰,余别先生之上谷,先生恐余之离索也,遗余曹尤二先生之语录。余受而奉以周旋,庶几不至于颠覆。”辛卯,指的是万历十九年。这一年,冯从吾在京城拜会了孟云浦,向云浦先生问学。冯从吾对孟云浦非常敬重,他说:“由是踯躅风尘,稍稍得力者,皆赖先生之教为之左右而后先也。”二位大师的会面,为王学北传,写下了浓重的一笔,也为冯从吾一生究河洛之学奠定了坚实的基础。
壬辰,即万历二十年。这一年正月,正当皇帝为生母仁圣皇太后过生日之时,突然接到了冯从吾的一份题为《请修朝政疏》的奏章,奏章历数神宗“郊庙不亲,朝讲不御,章奏多留中不发。”又说,“陛下每夕必饮,每饮必醉,每醉必怒。左右一言稍逊,辄毙杖下。”他还规劝神宗,“勿以天变为不足畏,勿以人言为不足恤,勿以目前宴乐为可恃,勿以将来危乱为可忽。”奏章上达,神宗大怒,立即传旨廷杖。多亏赵志皋等人出面联保,冯从吾才幸免于难。此后,冯从吾辞官回乡。临行之时,云浦先生为之送行,多方宽慰,并将洛学大儒曹月川和尤西川的语录赠送给他。冯从吾离京回长安后,杜门谢客,与萧茂才等在宝庆寺讲学。“幸有先生教言在,俨若坐春风而诵读。故虽闭户三年,忘其为独,寐寤宿也。”(冯从吾《祭云浦孟先生文》)
归乡三年,冯从吾惟以读书遣怀,“以心读之,以身证之”,始而疑,进而思,与多士执经问难。他将自己所疑所思写成读书札记,名之曰《疑思录》。三年后,冯少虚以御史补官,待先生整装北上,云浦先生业已削籍回家。冯从吾经由新安之时,就而访之。当时,云浦先生正与门人讲《易》,著《读易呓言》,日坐小斋披阅坟籍,等闲不出户庭。缙绅宦游,道函关者造访,一概谢辞。从吾来访,守门人辞之甚坚,直到两三日后才见到了云浦先生。二人把酒谈天,论学移日,继而持所著《疑思录》手卷相正。冯从吾在《疑思录做人说》中阐述了做人的道理,他说:“《大学》一书乃古人做人之法则。”格致诚正是讲做人,平天下治国是讲做官,也是讲做人,做官做人不是两事,“做秀才做个好秀才,做官做个好官,就是做人。”他提出“文人何如圣人”,抒发了自己希圣希贤的志向,并批评了圣人难为的思想,认定只要心怀抱负,脚踏实地认真去做,最终一定能实现内圣外王的理想。云浦先生一一读之。将别,缀以数语:噫,丈于此学直抉扃键矣,复何言!无已,即以丈册中最要一言请正之,可乎?丈曰:“做圣人易。斯言也,秦汉以来儒者不敢道,惟宋儒曾及之。识得此,其余问学始可得而讲矣。今夫人者,天地之心。天地以生物为心,则生生者人之心也。故圣人与天地合德。吾人与圣人同类,类同则心无不同。其卒不同者,非心之罪,人自丧之尔。盖必其心如乾之大,生如坤之广,生盎然出之,顺遂不可遏,浑是恻隐之心,而后谓之真心。心真则圣矣。”又曰:“为学在仕途,视山中工夫为难。弟尝验过,门下学已得力,当不虑此,然长安道上容易混过,幸珍重焉。”临行之时,云浦先生又录数语于便面,叮咛冯从吾于不忘。冯从吾非常感动,他将孟云浦引为知己。在《存古约言序》中,冯从吾说:“孟云浦先生,潜心理学,力追古道,与余莫逆。”其后书札往来,深相孚契。
万历二十三年(1595),冯从吾出任河南道监察御史,奉敕巡按直隶等处,督理长芦、山东盐课及河道。行部所至,不忘讲学,“进诸生,讲四书义,率出己意,反覆印证,期于剖微言,透宗旨,有前人所未发而末学所共迷者”(冯从吾.冯恭定全书)。冯从吾将讲稿数则辑成《订士编》。五月出任,十月罢免,任上仅五个月,正遇神宗皇帝以军政事黜放两京言官,冯从吾因前疏触及皇帝过失,亦在削籍归里之列,复还关中。比道经云浦先生之里,登先生之堂,先生已先期使使迎从吾先生于伊水之阳。从吾时以《订士》诸稿就正于先生。云浦先生报书云:“细读大教,仰见作圣之志,真切恳惓,非近世学者可闯其藩墙。山中寡陋,不知何缘得承镌诲如斯,庆幸之极,无逆于衷。惟是未发之中,发而中节,乃圣学大关键。敢以请正。中字自尧舜拈出,即孔门一贯。所谓道心也,通天地,该古今,彻昼夜,生死无二界,无两时。子思得家学真传,乃曰:‘未发之中,发而中节之和。’此非有二境也。动静者,所感之时也,发也。而本然之体,无分于动静。故虽阒然熟睡,亦谓之发,以有梦也。即无梦,亦不得不谓之发,以此心活心也,活则常发,而却曰未发,语本体也。本体常发,而惟中节,则不识不知,