风穴寺的由来故事有两个版本，如下：

    一据民间传说，唐初扩建寺院，院址初选龙山东南山下，待料物备齐，将要破土动工时，突然一阵大风将砖木石料一卷而起，到现在寺院上空，风停料落，因以“风”点穴，故名“风穴寺”。一是因风穴山得名，《风穴志略》载，龙山阳侧有大小二风穴洞，洞深数十里，天变时，洞内出风，猛不可挡，故名风穴山，寺因山而取名“风穴寺”。但风是否从穴中出，又有不同的记载，据《河南通志》，“风穴山在州城东北二十里，上有穴，风将作，穴中先有声……与诸山异。宋代吴几复曾隐于此，旧有吴公洞、读书庵、雅才亭，俱废”。而据《梦溪笔谈》，在宋时风穴已平，“汝南亦多大风，虽不及盐南之厉，然亦甚于他处，不知缘何如此？或云：自城北风穴山中出。今所谓风穴者已夷矣，而汝南自若，了知非有穴也。方谚云，汝州风、许州葱，其来素矣。”