七七事变之后，国共合作抗战成为现实，方镇中接受留法同学万锡九邀请，前往中央军官学校任教，随后奉调出任战干四团上校政治教官。1942年，他被任命为该团政治部副总教官，少将军衔，负责全团政治教学。
抗战胜利后，战干团宣布解散。战干四团所余四五百名学员全部改学会计，由方镇中等人送到毕业。1946年5月，这批学员毕业，胡宗南约见方镇中，表示了对他很看重，极力挽留他在手下任职。但方镇中已决意离开政界，自谋职业，找一份教书或编译的工作。
回到家乡河南后，他曾经的顶头上司范汉杰，正以国防部次长的身份任郑州指挥所主任，两人见面，范汉杰有意让他出任安阳专员，也被他当面拒绝了。
1946年12月，经留法同学赵冠五牵线，方镇中认识了教育部次长、曾任河大校长的田培霖，田即为河大招揽人才，力荐他在河大任职。
方镇中到河大的本意，是想过平静的教书生活，但一年多之后，天下风云变幻，开封战火连绵，河大被迫南迁苏州。
河大在苏州陷入困境
方镇中一家，是1948年9月上旬启程前往苏州的，他大约是河大最后一批南迁苏州的教授。
走得晚，不是因为不想走，而是实在走不了。
1948年6月21日，经过四天激战，开封第一次解放。但随后，国民党飞机持续大规模轰炸，传言要“三天炸平开封城”。在混乱之中，第一批师生踏上南迁之路。当时方镇中的妻子身怀六甲，不能远行，一家人不得不跑到城外暂避战火。
解放军战略撤退后，国民党重新占领开封，南京教育部的命令随即传来：9月1号不到苏州报到的师生，一律除名，停发工资和学生公费金。留在开封的师生渐渐南下，而方镇中的妻子于8月17日分娩，仍是无法动身，一直等到9月上旬，一家人才踏上南下之路。
尽管到得晚，学校对方镇中一家还是很关照，为他们预留了不错的住房，这让方镇中十分感动。
初到苏州时，虽有诸多曲折，但经各方努力，河大3000多名师生很快安顿下来。
抗战胜利后的两三年，是河大空前的好时光。学校结束了八年的流亡，回到开封校区，1946年，教育部任命著名历史学家姚从吾为河大校长，姚教授从北大南下，带来蔡元培的办学理念，广揽人才，兼容并蓄，让饱经离乱的河大，呈现兴旺气象。学校发展到六个院十七个系，还有产校、护校、附属中学等附属学校，拥有学生3000多人。对于当时的苏州来说，安顿这么多人并非易事。
姚从吾东奔西走，通过教育部、江苏教育厅，获得了苏州各界的大力支持，寻觅到沧浪亭河南会馆、通和坊湖南会馆、顾家祠堂、怡园等六处校舍。
随后，学校又在苏州、南京、上海等地聘请师资，著名学者钱穆、郭绍虞都是在此时出任了河大教授。对于那一代学子来说，钱穆教授主讲的《中国文化史导论》，郭绍虞教授主讲的《中国文化批评史》，蒋吟秋教授的《目录学》都是令人大开眼界的课程，大师们娓娓道来，纵横驰骋，妙趣横生，那渊博的知识、透彻的分析能力，让他们茅塞顿开，受益匪浅。
学校从上海、北平购置的图书，以及教育部配备的器材仪器，也先后运抵苏州，学校的教学工作逐渐步入正轨。
当年的法律系大四学生林福五回忆说，方镇中到苏州不久，即被任命为法学院代理院长，负责安排全院课程和聘请兼课教授，他除担任政治学、国际法课程之外，还经常邀请国内著名教授和学者前来法学院做学术讲座，比如冯友兰、郭绍虞、姚雪垠等，都在法学院做过演讲，“方院长自始至终都陪同在讲堂上。”
1948年9月下旬，冯友兰到南京参加中央研究院第一次院士会议，听闻河大在苏州，即前往拜访，应邀在法学院、文学院等处演讲，这也成为那一代河大学子记忆中的亮色。
可惜好景不长，1949年底以后，解放战争进展神速，国民党政权风雨飘摇，法币贬值，物价飞涨。南京教育部想让河大南迁到广州，被河大师生拒绝。此后，教育经费和薪水拖欠日益严重，校长姚从吾辞职南下，河大日渐陷入困境。数千师生衣食无着，学校随时可能瓦解。在这样的背景下，具有较广泛人脉关系的方镇中，成为师生和衷共济、摆脱困境的希望。【原标题：拒绝做官唯愿教书为业】