针灸起源甚早，最早甚至可以上溯到原始社会的砭石，但是在魏晋时期，却出现了一个在医史上常被称为“针灸鼻祖”的学者，他便是大名鼎鼎的皇甫谧。
皇甫谧（215-282），字士安，自号玄晏先生。实际上，他的主要社会身份并非医家，而是当时一位著述颇丰的学者，在文学、史学诸方面都有不少著作，如《历代帝王世纪》、《高士传》、《逸士传》等都出自他手。《晋书》中专门为他作有传记，生动地记述了其生平的传奇经历。
皇甫谧是当时名士之一，为后世留下了不少的典故。据记载，皇甫谧年轻时不爱读书，到处游荡，是个典型的浪荡子弟，为时人鄙视。但他为人倒很孝顺，有什么好吃的，总是要留给母亲。一次，母亲自责教育不力，哭着劝他要好好振作，要好好读书。皇甫谧大受触动，于是从此便痛改前非，发奋读书，其用工的程度，甚至为他博得了“书淫”的名声。
经过努力，他后来成为了知名的大学者，朝廷一再征召他去做官，却被他屡屡拒绝，甘于过着平淡的生活，专以著述为务。
魏晋时期，像皇甫谧这样的高士为数不少，也有不少涉猎养生、医药者，但是若论精通医学，皇甫谧是当之无愧的第一人。
与一般的医家不同，皇甫谧习医并非家学，也非遇到名师传授，而主要与其常年为疾病所困有关。因为受到当时社会风气的影响，皇甫谧耽于服食，但因服寒食散不当而中毒，引发了多种疾病，痛苦难当，甚至多次想要扣刃自杀。加上他后来身染多种疾病，可说是长期的“老病号”。
俗话说“久病成医”，皇甫谧遂开始留心医学，他从自身的经历中逐渐认识到了医药的重要性，感叹“有八尺之躯，而不知医事，此所谓游魂耳”。特别是在42岁时，他患上了风痹症，此后更潜心钻研医学，终于成为医学史上的名家。
皇甫谧在医学方面的贡献集中体现在编写了《针灸甲乙经》，其他医著还有数种，但多散佚，只有《寒食散方》的部分内容保存在隋代巢元方所著的《诸病源候论》中。
《针灸甲乙经》约公元259年著，原名《黄帝三部针灸甲乙经》，又简称《甲乙经》，书名中云“黄帝三部”者，是因为该书主要集《素问》、《针经》（即《灵枢》的古名）与《明堂孔穴针灸治要》三书内容，按类编排，删除浮言和重复之处合编而成。
之所以以“甲乙”为名，是因为原书共有10卷，系以十天干为编排顺序，故此以天干首两位“甲乙”冠名。但此书在后世流传中有所增删，变为12卷，一直通行到现在。
从内容而论，《针灸甲乙经》主要包括两大部分。卷一到卷六主要是论述医学基础理论及针灸概要，经络理论 、腧穴理论、脉诊、针刺禁忌等。而卷七到卷十二则主要是临床病症及具体治疗，包括各种疾病的病因、病机、症状和腧穴主治等，记载了约200种病症500多个处方，可以说是理论与实践兼顾的医著。
从编排体例上而言，《针灸甲乙经》按照内容分类编排，按照生理、病理、诊断、治疗等内容进行归类，因此具有简明扼要、层次清晰的特点，也对后世分类整理医经产生了不小的影响。
《针灸甲乙经》首要的贡献是原始文献保存之功。该书辑选了《黄帝内经》的部分原文，可视为《内经》最早的分类辑本。尤其值得一提的是，它保留了《明堂孔穴针灸治要》的部分内容，而该书在后世流传中已经散佚。从《明堂孔穴针灸治要》的书名不难推断，应当是早期的一本针灸专著。
一般而论，《内经》中的内容多侧重医理的阐发，而从《针灸甲乙经》中的内容来看，《明堂孔穴针灸治要》多偏于应用，因此也有人推断该书很可能便是《汉书·艺文志》中所记载的《黄帝外经》一书的别名。
《针灸甲乙经》对此前的医学，特别是针灸学说的发展具有承先启后的作用。此前的医学典籍如《素问》、《灵枢》等中都有关于针灸学理论与技术的阐述，但均非专论针灸，相关内容多散见于各章而不成系统，比如，此前《黄帝内经》中曾提到人体有365穴，但实际上记载的穴名不过160个左右。当时也有专门论述针灸经络的医籍，但均已散佚不存。
因此，皇甫谧的《针灸甲乙经》由于对针灸经络、腧穴、主治等从理论到临床进行了比较全面系统的整理研究，被公认为是现存最早的针灸学专著。
在《针灸甲乙经》中，皇甫谧对人体腧穴的名称、部位以及取穴的方法等都进行了细致的考订，共厘定了人体的穴位349个，其中双穴300个，单穴49个，比《黄帝内经》增加了一倍多。
在腧穴的排列上，皇甫谧也别出心裁，采取了“头身分部，四肢分经”的排列方法，这样的布穴既方便又准确，后人每每沿从之。由于皇甫谧对腧穴的考订翔实有据，因此历代医家莫不遵从，直到今天，中医针灸临床中大部分穴位的取位都仍然在参照《针灸甲乙经》中的标准进行，没有大的变动。
《针灸甲乙经》并不只是阐述医学理论，也很重视临床治疗的实践。该书以大量篇幅论述针灸的治疗原则和操作方法，对穴位的针刺深度、留针的时间、艾灸壮数等的介绍都十分具体。比如关于深度，提出头面部浅刺3分，四肢末端刺入3-4分，肩部则可刺入5-7分等。《针灸甲乙经》中还指出了若干禁针穴、不宜深刺穴、不宜久留针穴、禁灸穴等，大多为后世临床所证实。对于初学医的人而言，无疑是极为重要的参考。