开化党既发动政变，洪英植等入宫胁王移居别宫，并请日兵入宫护卫。国王、闵妃等被禁闭于景祜宫，老臣闵台镐、赵宁夏、闵詠穆等悉遭杀害，亲日派大权在握。这时袁世凯主张勒兵勤王，吴兆有主张先请示北洋大臣，袁认为缓不济急，乃分兵进援。袁为中路，吴张分左右翼，从王宫敦化门入，日兵曾据王宫狙击，终被袁兵攻入。这时洪、朴等劫韩王逃北门关帝庙，袁遣茅延年迎王入清营。洪英植等再三阻止，吴张二将亦赶至，韩王遂被清军迎入下都监清国兵营。袁往谒，王泣诉洪、朴等逼其更衣赴日本，恰遇清军攻入王宫始获免，但仍为洪、朴等劫掠，若非清兵来救，真不知下落何方。一边说一边流泪，情辞哀切。日使知事已败露，乃自杀焚于使馆，率兵出小西门前往仁川。亲日派断发变服，逃往日本。

    由于韩王在清营中，袁世凯遂代主持内政、外交、军事，后来韩王回宫，亦邀请袁入宫护卫，居住偏殿，和国王仅隔一墙，朝夕晤对。这时袁只是一个26岁的青年。韩大臣每日必会袁议事，听其指挥。不久传说日军大集仁川，袁乃和吴兆有、张光前商议，分兵扼守汉江和护卫王宫。

    在这个回合中，清朝和日本在朝鲜的竞争，由于袁世凯的果决，而占了上风。

    日本对朝鲜是处心积虑已久，而清朝对朝鲜的政策则是摇摆不定，所以袁世凯虽在甲申事变中占了上风，但并不能彻底解决问题。国际问题要讲力量，当日本在朝鲜屈居下风以后，它便积极布置，陆续增兵，同时向清朝政府提出抗议，指责袁世凯妄启衅端，应负甲申事件的责任。在这时候，清廷因中法争端尚未解决，不拟和日本再生麻烦，且以袁世凯官卑职小，此次在朝鲜闹出的事情，事先并未禀报朝廷，所以对袁并不太谅解，日本政府向清廷提出抗议后，清廷乃派吴大澂、续昌为特使到朝鲜来调查。吴大澂认为袁轻启衅端，所以还没有启程就打算把责任完全诿诸袁世凯，并向日本谢罪。

    光绪十年（1884年）十一月三日吴、续两大臣抵朝鲜。十七日晋谒朝鲜王，转达清廷意旨，由于中法失和，清廷不拟和日本紧张，所以劝朝鲜忍耐。同时吴、续两大臣并命令袁世凯把驻守王宫的军队悉数调回本营。日本见清廷软化，态度更趋强硬，得寸进尺。日本公使井上馨率日兵千余进驻西门外京畿道，另带卫队200人入宫，日韩洽商议和，日方提出五条苛刻条件，但朝鲜对外事务属于清朝政府，所以日韩的谈判转变成中日谈判，谈判地点亦转至中国天津。

    中日谈判朝鲜事件于光绪十一年（1885年）正月十八日举行，清朝首席代表是李鸿章，代表是吴大澂和续昌，日本全权代表是宫内大臣伊藤博文、农商大臣西御从道。谈判从二月十七日开始，至三月四日结束，议定条款三项:（一）四个月内中日尽撤驻韩军队；（二）中日两国均无庸派员教练韩兵；（三）遇有重大事件，中日两国派兵赴韩，应先互相照会。

    从这次条约中可以看出日本已取得和清朝在朝鲜的同等地位。

    《江华条约》使朝鲜自认非中国属国；《天津条约》则使清廷自认朝鲜不是中国的属国，同时日本因此取得和中国同等地位，当时官吏的愚蠢，真是痛心之至。

    袁世凯变成了这次事件的罪魁，大家都把责任推到他的身上，他看到朝鲜局势的任人宰割，非常痛心。原来他在朝鲜期间，曾多次上书给北洋大臣（朝鲜事务属清北洋大臣管辖），他认为朝鲜终必有大乱，韩王庸懦无能，所以建议朝廷选派一个监国代朝鲜王执掌政柄。这时的北洋大臣是李鸿章，他虽然同意袁的意见，可是他正苦恼于中法和议未定，怕在朝鲜出乱子，所以把袁的建议搁置。袁世凯继续上书痛切陈言，但仍未见采纳。

    这时刚巧遇到袁的嗣母牛氏生病，袁乃要求请假回籍，所以他便和来韩查案的吴、续两大臣一同返国。这是光绪十年（1884年）十二月的事。他在天津谒见李鸿章，再把他的建议上达，李仍不接受，他只好要求请假两个月，返回陈州府了。

    清廷既然把自己对朝鲜的宗主国地位分了一半给日本，这与袁世凯企图更深一步控制朝鲜的计划完全背道而驰，其实朝鲜仍然把中国当作宗主国。当时朝鲜想增兵三营，要求北洋大臣仍派袁世凯前往练兵，可是清廷既已与日本签了条约，所以自然不会同意，而袁世凯这时则已回家乡休假了。

    最可笑的，是清廷对朝鲜的统驭既没有原则，又没有目标。举例来说，在朝鲜壬午年以前，亲华派是大院君李昰应，而亲日派是闵妃和她的家族，可是吴长庆率兵到朝鲜来时，竟助闵妃平乱，诱缚大院君至保定拘押。甲申年中日在朝鲜互争雄长，这时闵氏一家都是亲华派了，照理清廷就该全力支持闵氏，可是清廷的军机大臣和总理各国事务衙门却又主张释放大院君回韩。大院君被清廷押禁了许多年，内心当然仇恨清室，闵妃和大院君是仇人，这时见清廷又要送大院君回韩，自然也对清廷失望。

    光绪十一年（1885年）夏天，清军由朝鲜撤退回国后驻戍旅顺，这时北洋大臣正计划护送大院君回韩的方法，因怕闵妃一系的韩人抗拒，当时定计遣水军提督丁汝昌和总兵黄金志、王永胜、张绍华、黄建筦等率领水陆两军押送。但是外间流言甚多，认为清军变相返韩，日本也以此质询清廷。李鸿章深感焦灼，乃决心召袁世凯至津，准备令袁负责押送。袁至天津，李鸿章口授方略，指派为护送专使。八月十二日清政府正式宣布释放大院君李昰应，并遣送回国。十九日袁世凯和大院君由大沽上船，分乘兵船两艘，鼓轮东驶，过烟台、旅顺，廿五日抵达朝鲜的仁川。

    在朝鲜方面，闵妃这一派对于清廷送大院君返韩一事极为不满，闵妃竟逼使韩王拒派官吏前往迎接。袁世凯上岸后下榻中国行馆，同时分别照会各国兵船和领事，往复酬应，一面指责朝鲜政府无礼，竟不前来欢迎。第二天，朝鲜才派官吏和内侍来侍候。廿七日，袁世凯和大院君抵达韩京，韩王设幕南门，亲自迎接，于是大院君回韩的任务袁世凯总算完成了。

    这时，在朝鲜又有新的酝酿，那不是日本而是俄国。俄驻韩公使威巴在袁世凯抵韩的先一日前往韩京，商谈条约要求陆路通商，同时以俄人来训练韩兵，保护韩国。替俄韩牵线的是总税务司穆麟德。穆麟德是德国人，但系清朝北洋大臣派遣来韩的，因其善弄权术，所以李鸿章撤去其职务，改以美国人墨贤理继任。穆挟恨投效闵妃，自称有拒大院君之策，并拉拢帝俄介入韩事。闵妃派穆在典圜局工作，月薪300元，可以自由出入宫廷。袁抵韩后洞悉其情，立即压迫韩王遣走穆麟德，俄韩的勾结遂告中断。袁世凯后来回天津复命时，李鸿章对于袁的应变之才大为赏识，袁之获李特别提拔，便是由此开始的。袁无形中也变成李对朝鲜问题的王牌了。这时北洋大臣奉到上谕:“庆军驻韩四载，前年乱党滋事，镇抚一切，因应机宜，尚称妥善，着择优保奖”。恰清廷驻韩商务委员陈树棠，称病请假，李鸿章乃奏请袁世凯以道员升用，赏加三品衔，由总理各国事务衙门加委袁世凯为驻朝鲜交涉通商事宜。袁奉委后，乃于光绪十一年（1885年）十月初七启程再度赴韩就任新职。