宋天下“如人有重病，内自心腹，外达四肢，无一毛一发不受病者”，提出“辅翼太子，选任大臣，振举纲纪，变化风俗，爱养民力，修明军政”六策。朱熹进言殷切,触及当政权臣的利益,受到他们弹劾为“假道学”，被贬任西京嵩山崇福宫的闲职。

    淳熙十六年十一月，南宋朝廷为了拉拢人心,诏命朱熹为漳州知府。绍熙元年(1190)四月，朱熹抵漳州上任。据《福建通志》载：当时的漳州社会也较混乱，出現官豪交結，谋敲财物，恃強凌弱，欺压善良，奸盜讼斗，好佛嬉頑的现象。朱熹到任后，教化厉治，严整弊俗，把“笃意学校，力倡儒学，”作为改变漳郡“俗未知礼”的方略。为办好学校，朱熹请漳邑名士，“入学為师表率。”朱熹自己则定期赴校视事讲学，“每五日一诣学，为诸生讲说；”“每旬二日必领学官下州学，六日下县学。”漳州学风为之一新。同时，朱熹还“奏除属县无名之赋七百万，减轻总制钱四百万。以习俗未知礼，采古丧葬嫁娶之仪，揭以示之，命父老解说，以教子弟。土俗崇信释氏，男女聚僧庐为傅经会，女不嫁者为庵舍以居，熹悉禁之。”（《宋史—朱熹传》）因此，漳州郡民由“好佛”而“崇儒”，由“嬉顽”而“习礼”，社俗民风趋向严整。绍熙二年四月末，朱熹离任返建阳时，漳郡父老于“芝山之阳，建朱子祠，”祀颂朱熹德政。朱熹离开漳州后先居建阳，又移居考亭，建竹林精舍(后更名沧洲精舍，即由理宗御书的“考亭书院”)聚徒讲学。

    绍熙五年，朱熹出任湖南安抚使时再次到潭州（今长沙）。他重整岳麓书院，聘请黎贵臣等名流为教师，贯彻他的教学思想，把《白鹿洞书院揭示》颁布于岳麓书院，并择地重建书院。置学田50顷，向皇帝乞赐九经御书，安排斋舍、招生、几案、床榻等。岳麓书院在朱熹的整顿下日益兴盛，求学者日益增多。

    庆元元年(1195)宁宗即位后，任命朱熹复为侍讲(皇帝的老师)。韩侂胄自以为拥立宁宗有功把持朝政，擅权弄国。朱熹上疏宁宗，斥责韩侂胄一党擅权误国。宁宗袒护韩侂胄，在朱熹的奏章上御批：“悯卿耆艾，恐难立讲，已除卿宫观。”朱熹任侍讲仅46天，就被罢免。不久，韩侂胄诬逐赵汝愚后为相，更是大权独揽。韩侂胄一党大力排斥道学，庆元二年监察御史沈继祖诬造十大罪状，弹劾朱熹。庆元五年，朱熹年老获准辞职。他迁居福建崇安县五夫镇紫阳楼著书，讲学。“自熹去国，侂胄势益张。”朝野之间，掀起了一股反“伪学”的逆风。太常少卿胡纮为首上书朝廷，说：“比年伪学猖獗，图为不轨，望宣谕大臣，权住进拟。”“右谏议大夫姚愈论道学权臣结为死党，窥伺神器。乃命直学士院高文虎草诏谕天下，于是攻伪日急，选人余嘉至上书乞斩熹。”（《宋史—朱熹传》）朱熹学派的官员都受到打击，或流放或坐牢，历史上称之为“庆元党祸”。

    朱熹自进士登第入仕以来，前后50多年，为官仅9年，在朝46天，其余时间都是讲学传道，著书立说。朱熹所建立的理学思想体系与“二程”的河洛理学概念比较接近，因此有“程朱理学”之并称（也有学者认为是程颐与朱熹的合称）。但是，朱熹所建立的理学思想体系是在对周敦颐的“太极”说、邵雍的象数学、张载的气化论乃至程颢的心性论做了综合性的吸收的基础之上，集诸家之成就，确立自己的理学思想体系的。朱熹认为“理”是生物之“本”，而“气”是生物之“具”。因此，他的哲学又被学者们称作是理本论。在朱熹看来，“理”与“气”是完全统一的，而且贯穿于“天地鬼神之变”、“人伦日用之常”乃至“鸟兽草木之宜”等所有存在当中。“变”、“常”和“宜”所表现出来的都是自然变化中的一种生命目的，这就是“太极”之理，即生理。这与孟子的“天地以生物为心，而所生之物，因各得夫天地生物之心以为心，所以人皆有不忍人之心也”是不谋而合的。在理气关系问题上，朱熹强调理是本、是体；气是末，是用。“事物又为体，而其理之发见者为之用。”（《朱文公文集—答吕子约》）这样，阴阳之气成为造化之本，而理只能依附于气而发生作用。所以朱熹认为一方面人作为气化产生的形而下的存在，有身体、情感、欲望、知觉等等复杂的内容；另一方面，作为存在之本、价值之源的“性理”，同时是人的最本质存在，也是人生的最高目的、价值。这样就确立了朱熹的儒学心性论的道德的形而上学的理论基础。在朱熹所确立的心性论同样是以性为形而上的本质存在，以心为形而下者，二者是横向摄取的认知关系。朱熹认为“性即理”。“性”内在于人就是人的心之本体，而“本心”就是人的本体存在，是超越的、绝对的普遍人性，是道德主体自律原则的内在依据。他主张人心必须绝对地服从于道心，强调道德理性的主导作用；既以“存天理，灭人欲”，完成道德自我的回归。

    庆元六年（1200）农历三月，朱熹逝世。嘉定二年（1209年），宋宁宗谥封朱熹为“文公”；宝庆三年（122