截至2011年底，商丘市已拥有或筹建国家级研发中心6家（国家面粉及制品质量监督检验中心、国家钢卷尺质检中心、国家制冷产品质量监督检验中心、国家碳纤维新材料研发中心、国家超硬材料研发中心、国家环保专用设备研发中心），国家级企业研发中心7家，省级企业研发中心20家，市级工程技术研究中心15家。“十一五”期间，商丘市实施国家、省、市级各类科技计划项目729项，其中省级以上项目近200项。开展各类企业技术创新示范，先后创建国家级创新型企业1家、省级创新型企业2家、省级创新型试点企业1家、省级制造业信息化科技工程示范企业4家、省级节能减排科技创新示范企业6家。